Les gestionnaires de paquets les plus populaires sont probablement apt-get, aptitude, synaptic et Software Center. Il en existe d'autres (Linux Mint a le sien, et certains sont conçus pour KDE), mais ce sont ceux que vous rencontrerez le plus souvent.
apt-get est un outil de ligne de commande simple. Il est pratique si vous connaissez le nom exact du paquet que vous voulez installer et que vous ne voulez pas passer du temps à cliquer dans une interface graphique pour l'obtenir.
aptitude est très similaire à apt-get, et j'ai entendu dire qu'il gère mieux les situations de dépendances folles. Laquelle des deux est vraiment la meilleure est discutable.
synaptique est une interface graphique de bas niveau. C'est un bon choix si vous êtes un utilisateur assez avancé mais que vous n'êtes pas à l'aise avec les utilitaires de ligne de commande.
Centre des logiciels est une interface graphique de très haut niveau et conviviale pour les nouveaux utilisateurs. Les logiciels sont joliment catégorisés de sorte que, si vous n'êtes pas exactement sûr de l'application que vous voulez, vous pouvez trouver rapidement ce dont vous avez besoin. Le Centre de logiciels se distingue également par le fait qu'il est le seul gestionnaire de paquets de cette liste à vous permettre d'acheter des applications commerciales.
dpkg est un gestionnaire de paquets de bas niveau moins utilisé et standard pour la plupart des systèmes basés sur Debian. En réalité, apt-get, aptitude, synaptic et le centre logiciel Ubuntu ne sont que des interfaces de dpkg ou d'apt, qui est lui-même une interface de dpkg.
En réponse à votre question, "lequel est le choix recommandé pour la gestion quotidienne normale des paquets", je dirais que Software Center est recommandé pour la plupart des utilisations. Mais au fur et à mesure que vous gagnerez en expérience, vous trouverez certaines des fonctionnalités des gestionnaires de paquets de niveau inférieur utiles.