I686 est la version 32 bits, et x86_64 est la version 64 bits du système d'exploitation.
La version 64 bits s'adaptera mieux à la mémoire, en particulier pour les charges de travail telles que les grandes bases de données qui doivent utiliser beaucoup de mémoire vive dans le même processus. N'envisagez pas d'exécuter un serveur de base de données (important) sur une machine 32 bits.
Cependant, pour la plupart des autres choses, la version 32 bits est correcte. Le code 32 bits utilise moins de mémoire, vous en aurez donc plus pour d'autres choses. La limite de la mémoire que le système d'exploitation peut utiliser n'est pas différente, mais seulement la mémoire par processus.
Cela dépend donc vraiment de l'usage que vous voulez en faire. Si vous envisagez de développer des logiciels pour de gros serveurs ou de faire fonctionner de gros serveurs, utilisez le 64 bits. Sinon, utilisez le 32.
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Duplicata possible de Différence entre x86_64 et i386