Oui, tant que le fichier de sortie final est identique au fichier d'entrée original, il n'y a pas de problème.
Dans tous les cas, vous ne pouvez pas introduire un problème de sécurité de cette manière, le pire que vous puissiez faire est d'introduire une corruption et de perdre complètement le fichier original.
Je ferais une somme de contrôle du fichier d'origine avant de le diviser afin de pouvoir vérifier son intégrité à l'autre bout après la concaténation. (md5sum, sha1sum, et sha256sum sum sont tous des utilitaires de somme de contrôle couramment trouvés sur les systèmes modernes).