À moins que vous ne fassiez quelque chose d'assez bizarre, vous n'écraserez pas au sens traditionnel du terme. rsync est conçu pour synchroniser une arborescence de système de fichiers sur un serveur distant avec une arborescence de système de fichiers locale (ou vice-versa). Le premier jour où vous l'exécutez, il prendra un certain temps et copiera toute l'arborescence ; le jour suivant, vous ne copierez que les fichiers qui ont changé.
Si vous voulez des informations historiques, mais que vous manquez d'espace, au lieu de conserver plusieurs copies de l'arbre, vous trouverez peut-être plus satisfaisant d'exécuter une tâche cron qui trie le répertoire sur le serveur distant, en le compressant autant que possible, et de conserver autant de ces tarfiles que vous pouvez vous le permettre.
Comme derfk l'a noté, vous pouvez choisir si rsync (par exemple) supprime les fichiers du côté distant qui ont disparu localement, ainsi que beaucoup d'autres comportements - mais c'est votre travail de le détecter avant qu'il ne synchronise l'arbre, si quelqu'un a changé tous vos fichiers locaux pour dire "JE DÉTESTE LE PIE".
C'est une des raisons pour lesquelles je ne considère pas rsync comme une solution de sauvegarde appropriée. Mais si vous n'avez qu'un autre serveur pour faire les sauvegardes, et que vous n'avez pas beaucoup d'espace sur ce serveur, alors rsync + tar agressif est probablement ce qu'il y a de mieux à faire sans entrer dans des trucs funky d'union FS, et c'est certainement mieux que pas de sauvegardes du tout.