D'après ce que j'ai compris, vous voulez savoir pourquoi un fichier en lecture seule non exécutable par vous peut être copié dans votre répertoire personnel où vous pouvez le rendre exécutable et l'exécuter, créant ainsi l'illusion que le bit "exécutable" n'est pas nécessaire.
Dans votre cas, cela pourrait être utile car l'exécutable ne peut fonctionner que dans son emplacement d'origine, donc le copier dans un nouvel emplacement et l'exécuter échouera.
D'autre part, le fait d'avoir votre propre répertoire personnel avec un accès complet vous confère déjà un certain niveau de confiance dans le système. Il existe de nombreuses situations où les utilisateurs n'ont qu'un accès en lecture. Dans ce cas, vous pouvez lire le fichier exécutable mais ne pouvez en aucun cas l'exécuter.