En fait, j'ai le même problème que celui que vous avez décrit. Une description plus précise de mon problème particulier (juste pour m'assurer qu'il est le même que le vôtre) est :
Lors de la recherche (sautant dans les codes temporels) lors de la lecture de fichiers WMV, lorsque la vidéo reprend à partir du nouveau code temporel, la vidéo accélère temporairement (elle démarre quelques secondes derrière le point de recherche), tandis que l'audio s'aligne correctement avec le point de recherche. Lorsque la vidéo finit par rattraper l'audio, la lecture reprend correctement synchronisée.
Dans mon cas, j'ai constaté que le problème ne se manifeste que dans les lecteurs multimédias basés sur DirectShow (Windows Media Player, Media Player Classic, etc...). Le seul lecteur multimédia que j'ai utilisé qui NE rencontre PAS ce problème est VLC Media Player, qui utilise des codecs complètement autonomes pour la lecture.