J'ai installé KDE dans Ubuntu (pas Kubuntu) et le Nautilus démarre avec.
Mais il ne devrait démarrer que dans GNOME ou Unity :
$ grep OnlyShowIn /etc/xdg/autostart/nautilus-autostart.desktop
OnlyShowIn=GNOME;Unity;Désinstaller Nautilus ou sauvegarder la session KDE n'est pas une option. Il ne devrait pas démarrer du tout.
